Jedna z wystaw zatytułowana „Z bursztynem przez tysiąclecia” prezentuje bursztyn w przyrodzie i jego rolę w kulturze. Jest to pierwsza stała ekspozycja bursztynu w Gdańsku. W zbiorach placówki znajdują się eksponaty ze słynnej przedwojennej kolekcji Muzeum Przyrodniczego i Archeologicznego Wolnego Miasta Gdańska. Przedstawiony jest również przebieg Szlaku Bursztynowego i niektóre znalezione na nim odkrycia archeologiczne. Najstarsze obiekty w kolekcji to fragmenty ozdób ze schyłku paleolitu (12 000 – 11 000 lat p.n.e.) oraz amulety antropomorficzne związane z kultem płodności i zoomorficzne związane z magią myśliwską i leśną z okresu mezolitu (8 000 – 4 500 p.n.e.).