W kościele tym warto przede wszystkim zobaczyć Bursztynowy Ołtarz. Docelowo ma to być największe dzieło z bursztynu na świecie, znacznie większe od Bursztynowej Komnaty. Obecnie można oglądać wykonaną z bursztynu centralną część ołtarza, bursztynową szatę obrazu Matki Boskiej oraz ciekawe elementy konstrukcji nośnej i towarzyszące rzeźby. Ołtarz zaprojektowali prof. Stanisław Radwański i Mariusz Drapikowski. Oprócz ołtarza można też obejrzeć inne współczesne sakralne dzieła sztuki z bursztynu, m.in. monstrancję, kielichy mszalne, cyboria i inne naczynia sakralne. Całość jest rodzajem wotum złożonego przez środowisko gdańskich bursztynników m.in. za odzyskanie przez Polaków wolności po wydarzeniach roku 1980 i 1989.